Intergalaktički lovac na glave Samus Aran prima signal za pomoć od razorene fregate u orbiti oko planete Talon IV. Nakon istrage, otkrivaš da je fregata istraživački brod svemirskih pirata koji je dom zastrašujućih genetskih eksperimenata koristeći misterioznu supstancu Fazon. Tamo Samus susreće svog neprijatelja, Metu Ridli, koju progoni do površine Talona IV. Na njoj je samo da istraži međusobno povezane regione planete, istraži njene mračne tajne i okonča međugalaktičku pretnju koju predstavlja Fazon.